肥料之间有“相生”关系，也有“相克”矛盾。比如多施磷肥，多余的有效磷与土壤中的有效锌结合形成难溶性的磷酸锌沉淀，而引起土壤有效锌的缺乏。不仅如此，多余的有效磷还会抑制作物对氮的吸收，引起氮的缺乏。又比如多施钾肥，多余的钾会减少作物对氮、镁、钙、硼和锌的吸收，引起农作物体内缺乏这些营养元素。即使是有机肥也不可过多施用。如果施用过多，土壤中微生物与农作物会出现“争氮”“夺氮”的矛盾，引起土壤一段时间内暂时缺氮，而且多余的有机质与锌形成络合物或螯合物，会降低锌的有效性。
要防止肥料之间“相克”，可采取以下方法：尽可能做到平衡施肥
对农作物偏施或多施单质肥料，不仅浪费了肥料，增加了生产成本，而且易导致其他某种或某些营养元素的缺乏。施肥时，要根据农作物需肥结构的不同和土壤的供肥能力，做到量出为入，不偏不少营养元素的平衡，这样就可以相安无事。
根据不同作物对各种营养元素的需求比例
相对单质肥料而言，复合肥或复混肥营养元素的比例关系比较适当和协调。因此，施肥时应以复合肥为主，以单质肥料为辅，如对于以块茎、块根为收获对象的蔬菜等需钾量大的农作物，可在施用硫基复合肥的基础上，再适当增加硫酸钾单质肥料作补充。
错开施用时期或施用部位
锌肥和磷肥若混施，必然会产生“相克”。因此磷肥应作底肥或基肥施用，锌肥应作追肥施用。氮、磷、钾等大量元素肥料应以根际追肥为主，微肥应采取叶面喷施的方法。
缩小接触范围
氮、钾肥可采用撒施的方法；磷肥可采用集中施肥的方法；微肥可采用拌种、浸种、蘸根等方法，使微量元素局限在根部这一较小的范围内，尽量不与大量元素接触。
各元素之间会起反作用：氮：吸收硝态氮要比吸收氨态氮难；施用过量的钾和磷都影响对氮的吸收；缺硼不利于氮的吸收。
磷：增加锌可减少对磷的吸收；多氮不利于磷的吸收；铁对磷的吸收也有拮抗作用；增施石灰可使磷成为不可给态；镁可帮助磷的吸收。
钾：增加硼帮助对钾的吸收，锌可减少对钾的吸收；多氮不利于钾的吸收；钙、镁对钾的吸收有拮抗作用。
钙：钾影响钙的吸收，降低钙营养的水平；镁影响钙的运输，镁和硼与钙有拮抗作用；铵盐能降低对钙的吸收，减少钙向果实的转移；施入钠、硫也可减少对钙的吸收；增加土壤中的铝、锰、氮，也会减少对钙的吸收。
镁：钾多影响镁的吸收，多量的钠和磷不利于镁的吸收，多氮可引起缺镁。镁和钙、钾、铵、氢有拮抗作用，增施硫酸盐类可造成缺镁。镁能消除钙的毒害。缺镁易诱发缺锌和缺锰。镁和锌有相互帮助的作用。
铁：多硼影响铁的吸收和降低植物体中铁的含量，硝态氮影响铁的吸收，钒和铁有拮抗作用，引起缺铁的元素比较多，它们的排列顺序为NiCuCoGrZnMoMn.钾不足可引起缺铁；大量的氮、磷和钙都可引起铁的缺乏。
硼：铁和铝的氧化物可造成缺硼；铝、镁、钙、钾、钠的氢氧化物可造成缺硼；长期缺乏氮、磷、钾和铁会导致硼的缺乏。
增加钾可加重硼的缺乏，缺钾会导致少量硼的中毒；氮量的增多，需硼量也增多，会导致硼的缺乏。
几种能形成络合物的元素，如锶、铝和锗有临时改善缺硼的作用。
锰：钙、锌、铁阻碍对锰的吸收，铁的氢氧化物可使锰呈沉淀状态。施用生理碱性肥料使锰被固定。钒可减缓锰的毒害。
硫和氯可增加释放态和有效态的锰，有利于锰的吸收，铜不利于锰的吸收。
钼：硝态氮有利于钼的吸收，氨态氮不利于钼的吸收；硫酸根不利于钼的吸收。多量钙、铝、铅以及铁、铜、锰都阻碍对钼的吸收。处于缺磷和缺硫的状态，必然缺钼，增加磷对钼的吸收有利，增加硫则不利；磷多时需钼也多，因此，磷过多有时会导致钼的缺乏。
锌：使锌形成氢氧化物、碳酸盐和磷酸盐则成不可给态。
磷过量会导致缺锌，氮多时需锌量也多，有时也会导致缺锌，硝态氮有利于锌的吸收，氨态氮不利于锌的吸收。增多钾和钙不利锌的吸收。
锰、铜、钼对锌吸收不利。镁、锌之间有互助吸收的作用。缺锌会导致根系中少钾。
铜：施用生理酸性氮或钾肥等可提高铜的活性，有利于吸收。生成铜的磷酸盐、碳酸盐和氢氧化物则有碍吸收，所以富含Co2、碳酸和含钙多的土壤，不利于铜的吸收。多磷会导致铜。土壤嫌气状态产生H2S也有碍铜的吸收。铜还与铝、铁、锌、锰元素拮抗。氮多时也不利于铜的吸收。
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